トンネル上部の建物の基礎杭がトンネル構造物に支障となるかどうかの判断については、既存建物の杭がどの程度の深さまで打設されているか事前調査が必要になります。（建築確認申請図書や地質図等）

　深さについて、取得するか区分地上権にするかの判断は、各事業者の判断によるところですが、構造物の大きさや、地盤の状況により個別判断することとなります。

　トンネル保護領域の上下幅については、起業者それぞれで異なっているのが現状です。一般的にはトンネル上部保護領域に５m、下部保護領域に5m若しくは10mとしている場合が多く、トンネル上部に保護領域を5mとっているのは、トンネル躯体に杭や井戸が当たらないようにということと、躯体の浮き上がりを防止するためです。ただし、5mという計算は浮き上がり防止により決まる要素が大きいです。
　トンネル保護領域の横幅について、規定で決められたものはありません。阪神高速道路株式会社では1.0mまたは1.5mとしています。また、国土交通省やNEXCOなどでは0.5mとしている事例があり、リニア中央新幹線などではトンネル保護領域の上下幅は5mで、横幅は0.5mとされている事例もあります。