損失補償基準に収用対償地（代替地）の買収価格に関する規定は見当たりません。また、「収用等の対償地として土地等を譲渡した場合の特例（1,500万円控除）」を規定した租税特別措置法にも契約方式の規定はありますが、対償地の買収価格を縛る規定はありません。よって、起業者の考えておられる方法で対応されて問題ないものと考えます。

　ただし、土地収用法第82条には「収用される土地…に対する補償金の全部又は一部に代えて土地をもって、損失を補償する」とする替地補償の規定があり、その第７項には「起業者が提供すべき替地は、土地の地目、地積、土性、水利、権利の内容等を総合的に勘案して、従前の土地…に照応するものでなければならない。」との規定を置いています。価格については、照応規定を置いていませんが、従前の土地に照応する土地であれば、価格水準が極端に異なることはないと考えられます。

　また、替地補償は正常な取引価格による損失補償（土地代金）を現金ではなく、替地で補償するとする特例規定、特に生活再建をも視野にいれた規定となっています。その趣旨からすれば、もし、現金よりも価値の高い替地を安く手に入れて、それをそのまま地権者に渡したら、他の被補償者より替地を受けた被補償者だけが得することになってしまいます。逆に、高く買ってしまってそのまま渡したら、替地を受けた被補償者だけが損することになってしまいます。ですから、鑑定評価までは必要ないと思いますが、総合的に見て相当な価格から逸脱していないことくらいは公示地価や相続税路線価等から確認しておくことが望ましいと考えます。

　いずれにしても、任意契約ですから、当事者双方が十分に納得していることが大切です。両者に丁寧な説明をして、両者の納得していることを十分確認してください。

　トンネル上部の建物の基礎杭がトンネル構造物に支障となるかどうかの判断については、既存建物の杭がどの程度の深さまで打設されているか事前調査が必要になります。（建築確認申請図書や地質図等）

　深さについて、取得するか区分地上権にするかの判断は、各事業者の判断によるところですが、構造物の大きさや、地盤の状況により個別判断することとなります。

　当然のことですが、第一にすべきは相続人の確定です。戸籍・閉鎖戸籍・原戸籍・住民票等の資料収集、地元精通者や確定した相続人への聞き取り等を通じて、相続関係図を順次完成させていきます。この作業と並行して、この土地が村有林等であって、地縁団体での登記が可能な物件なのかどうかの調査を進める必要があります。
　可能性がある場合、地縁団体登記に必要な要件をクリアできるのかどうか、特に強力な非協力者がいないかどうかを確認しておくことが大切です。また、こうした調査を進める場合には、起業者側で作成した相続関係図を調査相手に示さないことも大切です。それは、戸籍関係の情報は重要な個人情報だからです。
　この相続人調査をしていくうちに、発生が想定される問題としては、①相続人の存否不明・所在不明、②海外移住、③外国籍の取得（帰化）、④外国籍後の相続発生、⑤外国人との婚姻・離婚等です。問題が一定整理できた段階で、事業計画による工事着手時期との擦り合わせを行い、問題解決に向けた手法を整理しておく必要があります。
　すべてを土地収用制度で解決できるわけでありませんが、必要な努力をしても解決しないときの最終手段は、やはり土地収用ですから全相続人を把握して、交渉できる見込みが立たないときは、事業認定手続きにいつから着手するのかを決めておく必要があります。
　例えば、相続人の存否不明・所在不明については、a)不在者財産管理人の選任、b)失踪宣告、c)収用裁決という処理方法があり、それぞれに要件が異なりますし、処理期間も扱う機関も異なります。こうした案件が複数あるときは、どの手法で処理していくのか起業者としての方針を決定しておく必要があります。
　海外移住については、一時的移住なのか、移民なのか、現国籍はどこなのか等を確定していく必要があります。いずれにしても、領事館等の協力や現地の法律に強い弁護士法人の協力も必要です。だれがどのようにして相続人と接触し、交渉を進めていくのかを決めていかなければなりません。
　その際に、家系ごとにまとめ役をしてくれる協力者を探し当てることも大切です。帰化された方がある場合は、その国の相続法も勉強しなければなりません。契約書の作成方法、補償金の送金、補償金の源泉徴収等の問題もあります。難しい案件であれば、弁護士等の第三者も入れたプロジェクトチームを構築し、処理を進めるということも視野に入れ、考えていかなければなりません。

　収用特例の適用にあたり、まず要件を確認すると、

• ①　Ａ地については、同一の収用事業による２度目の用地買収となるため「5,000万円特別控除」の適用はありません。適用できるのは「代替資産の特例」のみとなります。
• ②　Ｂ地については、学校用地（別の事業）として初めての用地買収となるため、「5,000万円特別控除」又は「代替資産の特例」のいずれかを選択して適用できます。
• ③　収用特例の適用にあたっては、同一年に「5,000万円特別控除」と「代替資産の特例」の２つの特例を重複して適用することはできません。いずれか一方を選択して適用することとなります。

　以上の要件を本件質問に当てはめると、Ｂ地について「5,000万円特別控除」を選択し適用すると、③の要件から、別事業でのＡ地の用地買収であっても、同一年であるため、その年には「5,000万円特別控除」しか選択できなくなります。一方、Ａ地については２度目の用地買収ですので、①の要件から「代替資産の特例」しか選択できません。

　よって、結果として、Ａ地については「いずれの特例も適用できない」ということになります。

　一括契約方式は、農地以外の土地で地権者又は起業者が代替地（収用対償地）を見つけてきたときに、収用対象地の提供者が「1,500万円の特別控除を適用してくれるならその土地を提供してもよい」という場合に行う契約方式です。
　不動産業者が自ら所有する土地を代替地として提供しても「棚卸資産」であるため、1,500万円の控除は受けられませんので、一括契約する意味はありません。
　また、不動産業者が仲介又は媒介して第三者の土地を代替地として提供する場合、地権者と起業者と第三者で一括契約を締結することは可能ですが、起業者としては不動産業者に仲介手数料を支払うことはできませんので、トラブルになる可能性があります。
　従って、不動産業者を通じた代替地の紹介を行うのであれば、起業者はあくまで地権者と事業用地を買収する契約を行い、別途、地権者と代替地提供者の間で土地売買契約を締結してもらう方法が良いと考えます。

　土間コンクリートは土地の一部であり、土地代に含まれているため、補償の対象にならないと考えます（ただし、補償されている起業者もあります。）。「公共用地の取得に伴う損失補償基準細則」第１によれば、「土地の附加物とは、土留施設、階段、溝、雑草木等土地と一体として効用を有するもので、土地と独立に取引価格のないものをいう。」とされています。本件土間コンクリートも現在の低地を利用するために土地と一体になって効用を果たしているもので、土地価格に含まれているものと考えます。

　階段の設置費用を補償することは問題ないと考えます。「別記４　残地工事費補償実施要領」第２条に該当し、「階段を設置するのに通常要する費用を補償する」ことができます。また、「建設省の直轄の公共事業の施行に伴う損失補償基準第60条の運用について」二(2)ロに該当し、階段の設置が妥当と判断されます。階段は新品になりますが、あくまで土地の一部であり、このために土地代が上がることはありませんので、減耗控除の必要はないものと考えます。

　各相続人の詳細な主張、売買予約を行った経緯、起業者との交渉熟度等の情報がないので、用地交渉の進め方についてお答えすることはできませんが、法律上の考え方だけをお答えします。
　仮登記には1号仮登記と２号仮登記がありますが、本件の場合は、２号仮登記の「売買予約」が登記原因となっていますので、正式な売買契約は成立していないと考えられ、土地所有権はＢには移転していません。
　また、売買予約権が20年以上行使されていないなら、売買予約権は10年が消滅時効ですので、Ａには予約解除権が発生しています。そして、仮登記が相続されていても、相続は時効の中断事由には該当しませんので、Ａの相続人から時効の援用をするためには仮登記設定者に、その旨を記した内容証明郵便を送り、相手が認めれば、仮登記を消すことが可能となります。
　仮に、相手が争う場合は裁判となりますが、固定資産税を土地所有者Ａの相続人が払い続けていること、仮登記設定者Ｂが仮登記を放置していること、仮登記設定者が現地を管理した実態がないこと等から考えて、仮登記設定者Ｂに所有権が認められることはほぼ無いと考えられます。
　以上のことから、土地売買契約は土地所有者Ａの相続人と行う必要があります。その契約に先立って仮登記を抹消する必要がありますが、起業者が土地売買契約を根拠に債権者代位登記で仮登記を抹消することはできません。
　よって、まず、両方の権利について相続登記をしてもらった後、ＡとＢの相続人の共同申請で仮登記の抹消申請をしていただく必要があります。
　なお、仮登記設定者Ｂの相続人に代理受領された金銭は土地売買代金ではありませんので、5,000万円控除の対象とはなりません。一時取得としてみなされて課税されますので、その旨Ｂの相続人に事前に十分説明しておくことが大切です。

　土間コンクリートは土地の一部であり、土地代に含まれているため、補償の対象にならないと考えます（ただし、補償されている起業者もあります。）。「公共用地の取得に伴う損失補償基準細則」第１によれば、「土地の附加物とは、土留施設、階段、溝、雑草木等土地と一体として効用を有するもので、土地と独立に取引価格のないものをいう。」とされています。本件土間コンクリートも現在の低地を利用するために土地と一体になって効用を果たしているもので、土地価格に含まれているものと考えます。

　階段の設置費用を補償することは問題ないと考えます。「別記４　残地工事費補償実施要領」第２条に該当し、「階段を設置するのに通常要する費用を補償する」ことができます。また、「建設省の直轄の公共事業の施行に伴う損失補償基準第60条の運用について」二(2)ロに該当し、階段の設置が妥当と判断されます。階段は新品になりますが、あくまで土地の一部であり、このために土地代が上がることはありませんので、減耗控除の必要はないものと考えます。

　補償金の算定方法ですが、連棟式長屋建物のように左右に分かれている場合は、実質別々の建物ですので、個別に補償金を算定し直すことは可能です。しかし、一つの建物を上下で分離している場合には、基礎や屋根、柱や床等を共用していますので、個別に算定するのは不可能です。

　これをどのように算定していくかは一般論として答えることは困難です。各区分所有建物の専有部分の内部（内装と設備）を個別に算定し、建物構造部を一つの建物として算定したうえ床面積比で按分するというのも一方法ですが、個別性が高いので、調査算定をしている補償コンサルタントともよく相談してください。